Μετά την υπογραφή των συμφωνιών Ζυρίχης-Λονδίνου για την ανεξαρτησία της Κύπρου στις 17 Φεβρουαρίου 1959, τον Απρίλιο συστήθηκε μια μεταβατική επιτροπή, που ενεργούσε σαν κυβέρνηση, με εφτά Ελληνοκύπριους και τρεις Τουρκοκύπριους υπουργούς, υπό τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο και τον Φαζίλ Κουτσιούκ. Έτσι άρχισε η μεταβατική περίοδος της μεταφοράς της διοίκησης της Κύπρου από τους Άγγλους στους Κύπριους, η οποία μέσα στο 1960 θα οδηγήσει στην ανακήρυξη της Κυπριακής Δημοκρατίας. Η επιτροπή-κυβέρνηση αποφάσισε όπως οι πρώτες προεδρικές εκλογές διεξαχθούν στις 13 Δεκεμβρίου του 1959, ώστε η Κύπρος να αποκτήσει κυβέρνηση πριν από την ανακήρυξη της Κυπριακής Δημοκρατίας και να είναι έτοιμη για τη μετάβαση από την αγγλοκρατία στην ανεξαρτησία.
Οι εκλογές αυτές είχαν μερικές ιδιαιτερότητες, όπως:
- Ήταν οι πρώτες εκλογές στην Κυπριακή Δημοκρατία, όπως προέκυψε από τις συμφωνίες Ζυρίχης-Λονδίνου.
- Για πρώτη και τελευταία φορά οι Τουρκοκύπριοι θα ψήφιζαν για αντιπρόεδρο, ο οποίος θα εκλεγόταν χωριστά από τον πρόεδρο, σε εκλογές που θα ψήφιζαν μόνο οι Τουρκοκύπριοι. Με βάση τις συμφωνίες οι Ελληνοκύπριοι ψήφιζαν για πρόεδρο και οι Τουρκοκύπριοι για αντιπρόεδρο, σε χωριστές εκλογές που διενεργούνταν την ίδια μέρα.
- Ο Τουρκοκύπριος αντιπρόεδρος Φαζίλ Κουτσιούκ εκλέγηκε χωρίς ανθυποψήφιο, καθώς ήταν κοινά αποδεκτός από την κοινότητά του.
- Υποψήφιοι για την προεδρία ήταν ο Αρχιεπίσκοπος Μακάριος, που ήταν η ηγετική φυσιογνωμία της εποχής και είχε την πλήρη στήριξη της μεγαλύτερης μερίδας των αγωνιστών της ΕΟΚΑ, και ο Γιάννης Κληρίδης, πατέρας του μετέπειτα πολιτικού και Προέδρου της Δημοκρατίας Γλαύκου Κληρίδη.
Ο Γιάννης Κληρίδης ήταν ένας Ευρωπαίος πολιτικός της εποχής του: εμμονικός και αφοσιωμένος στη νομιμότητα, βαθύτατα δημοκράτης και θερμός υποστηρικτής των ανθρωπίνων δικαιωμάτων. Ήταν πρώην δήμαρχος Λευκωσίας και μετριοπαθής πολιτικός, που πάντα υποστήριζε τη συνεννόηση των Κυπρίων με τους Άγγλους. Και το παράδοξο είναι ότι η πλειοψηφία των αγωνιστών της ΕΟΚΑ που αγωνίστηκε και υποστήριζε την ένωση, συντάχθηκε με τον Μακάριο που είπε το περιβόητο “Νενικήκαμεν”, ενώ όσοι ήταν αντίθετοι με τις συμφωνίες της Ζυρίχης και πολύ σκληροί ενωτικοί, όπως ο Πολύκαρπος Ιωαννίδης και ο δήμαρχος Λευκωσίας Θεμιστοκλής Δέρβης, φανατικοί αντικομμουνιστές και οι δύο, συντάχθηκαν με τον Ιωάννη Κληρίδη, τον οποίο υποστήριζε η Δημοκρατική Παράταξη και το ΑΚΕΛ, το οποίο μέχρι και τις 4 Δεκεμβρίου του 1959 ήταν εκτός νόμου. Επίσης τον Ιωάννη Κληρίδη υποστήριζαν και μερικοί πρώην τομεάρχες της ΕΟΚΑ, που έμειναν πιστοί στην υπόθεση της ένωσης. Όλοι αυτοί παλαιότερα ήταν σκληροί πολιτικοί αντίπαλοι του Κληρίδη, αλλά παρά να υποστηρίξουν τον Μακάριο, που θεωρούσαν ότι πρόδωσε τον αγώνα για την ένωση, προτίμησαν να συστρατευθούν με τον Κληρίδη.
Το πιο σημαντικό χαρακτηριστικό των εκλογών αυτών ήταν ότι ο Γλαύκος Κληρίδης, αντί να υποστηρίξει τον πατέρα του, υποστήριξε τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο. Πολλοί ήταν αυτοί που τον κατηγορούσαν για τη στάση του αυτή, λέγοντας ότι παράκουσε στη χριστιανική εντολή “τίμα τον πατέρα και τη μητέρα σου”. Ο ίδιος όμως επιχειρηματολογούσε με το ρητό “Μητρός τε και πατρός και των άλλων προγόνων απάντων τιμιώτερόν εστιν η Πατρίς και σεμνότερον και αγιώτερον”. Όπως ο ίδιος ο Γλαύκος Κληρίδης αναφέρει στο βιβλίο “Η κατάθεσή μου”, έκανε προσπάθειες να πείσει τον πατέρα του να αλλάξει γνώμη, στηριζόμενος σε δύο επιχειρήματα: πρώτον ότι ο Μακάριος θα κέρδιζε, και δεύτερον ότι η αναμέτρηση θα έθετε σε αμφιβολία τις Συμφωνίες Ζυρίχης-Λονδίνου, πράγμα που δεν θα ήταν καλό για το μέλλον του τόπου. Μάλιστα, για τον σκοπό αυτόν έγινε συνάντηση του Μακαρίου με τον Ιωάννη Κληρίδη στην παρουσία του Γλαύκου Κληρίδη. Ο Ιωάννης Κληρίδης όμως ανταπάντησε ότι έδωσε τον λόγο του στις αντιπολιτευόμενες ομάδες ότι θα κατέβαινε ως υποψήφιος τους και δεν είχε σκοπό να αθετήσει τον λόγο του, εκτός αν είχε τη σύμφωνη γνώμη τους. Ο Γλαύκος Κληρίδης στη μετέπειτα ζωή του, εκμυστηρεύτηκε σε πολλούς φίλους του ότι η μητέρα του δεν του συγχώρεσε ποτέ τη στάση του να υποστηρίξει τον Μακάριο.
Για την ιστορία να αναφέρουμε ότι ο Αρχιεπίσκοπος Μακάριος δεν έκανε προεκλογικό αγώνα. Τον προεκλογικό του τον ανέλαβε το Πατριωτικό Μέτωπο, που ιδρύθηκε για να υποστηρίξει τον Μακάριο και υποκατέστησε το ΕΔΜΑ, το οποίο φιλοδοξούσε να στεγάσει όλες τις δυνάμεις του τόπου τις πέραν του ΑΚΕΛ. Τα κύρια μέσα της προεκλογικής εκστρατείας ήταν επισκέψεις και συγκεντρώσεις στις πόλεις και στα χωριά. Μεγάλο μέρος της εκστρατείας ανέλαβε ο τύπος, που εκτός από τη ΧΑΡΑΥΓΗ του ΑΚΕΛ και την ΕΘΝΙΚΗ, όλες οι υπόλοιπες εφημερίδες στήριζαν τον Μακάριο. Ο Ιωάννης Κληρίδης κατηγορούσε τον Μακάριο για αυταρχισμό στον τρόπο άσκησης της εξουσίας του και για αντιλαϊκή πολιτική υπέρ των προνομιούχων και σε βάρος του απλού κόσμου. Οι του Μακαρίου κατηγορούσαν τον Κληρίδη για συνεργασία με τους Άγγλους στη διάρκεια του αγώνα της ΕΟΚΑ.
Νικητής και πρώτος Πρόεδρος της Κυπριακής Δημοκρατίας ανεδείχθη, όπως ήταν αναμενόμενο, ο Αρχιεπίσκοπος Μακάριος, με το συντριπτικό ποσοστό 66,29% (172.531 ψήφοι), έναντι ποσοστού 33,71% (87.993 ψήφοι) του Ιωάννη Κληρίδη.
Μετά τις εκλογές αυτές η Κύπρος μπήκε στον δρόμο της ολοκλήρωσης της ανεξαρτησίας της, η οποία δυστυχώς δεν έμελλε να ευδοκιμήσει…