Ως Κρυφό Σχολειό λογιζόταν η παροχή εκπαίδευσης στα υπόδουλα Ελληνόπουλα κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας, σε μοναστήρια και απομακρυσμένα χωριά, από κληρικούς και μοναχούς.
Για πάρα πολλά χρόνια πιστευόταν ότι το Κρυφό Σχολειό ήταν μια πραγματικότητα. Σκοπό του είχε τη διδασκαλία γραφής και ανάγνωσης, καθώς και των παραδόσεων, της ιστορίας, της χριστιανικής θρησκείας και των ηθών και εθίμων του λαού μας, ώστε να διατηρηθεί η εθνική ταυτότητα και η ελληνική συνείδηση. Η ύπαρξη του βασιζόταν σε προφορικές μαρτυρίες διάφορων διπλωματών και λόγιων της περιόδου της τουρκοκρατίας.
Ωστόσο μεταγενέστεροι μελετητές αμφισβήτησαν την ύπαρξη του Κρυφού Σχολειού και τη θεώρησαν θρύλο, που διατηρήθηκε από στόμα σε στόμα, για να τονώσει το εθνικό φρόνημα των Ελλήνων. Υποστηρίζουν ότι οι Οθωμανοί δεν εμπόδιζαν τη λειτουργία ελληνικών σχολείων στα χρόνια της τουρκοκρατίας, καθώς πολλές μαρτυρίες και έγγραφα αποδεικνύουν ότι υπήρχαν ελληνικά σχολεία που λειτουργούσαν με την άδειά τους. Μάλιστα, αυτή είναι σήμερα η επικρατούσα άποψη, ότι το Κρυφό Σχολειό δεν είναι παρά ένας θρύλος, που είχε τη σημασία του κατά την τουρκοκρατία, για να κρατά ψηλά το εθνικό φρόνημα των Ελλήνων.
Ωστόσο, θρύλος ή πραγματικότητα, το Κρυφό Σχολειό είχε τεράστια σημασία. Πρώτα από όλα, ενέμπνευσε λογοτέχνες, ποιητές και ζωγράφους να δημιουργήσουν σημαντικά έργα. Ο πιο φημισμένος πίνακας που είχε ως έμπνευση το Κρυφό Σχολειό είναι ο ομώνυμος πίνακας του Νικόλαου Γύζη, που θεωρείται αξεπέραστο έργο της ζωγραφικής. Παράλληλα, αποτέλεσε σημείο αναφοράς για την εθνική ταυτότητα και τον πατριωτισμό των Ελλήνων στα δύσκολα χρόνια της τουρκοκρατίας και ενίσχυσε την αντίσταση κατά της Οθωμανικής κυριαρχίας, που είχε ως αποτέλεσμα την απελευθέρωση της Ελλάδας από τον τουρκικό ζυγό.
Για πρώτη φορά συναντάμε τον όρο Κρυφό Σχολειό προεπαναστατικά, σε ένα μικρό μοναστήρι στην Τήνο. Η πρώτη δημοσιευμένη γραπτή αναφορά για το Κρυφό Σχολειό έγινε το 1825 σε επιστολή του Στ. Κανέλλου, λόγιου, επαναστάτη και μέλους της Φιλικής Εταιρείας.
Στις αρχές του 20ού αιώνα η έννοια του Κρυφού Σχολειού διδασκόταν ως ύλη στα σχολεία μας, αλλά με τον καιρό ατόνησε κι έφτασε στο σημείο τα τελευταία χρόνια να γίνεται μια απλή αναφορά. Θεωρείται θρύλος, μύθος της ελληνικής παράδοσης, αντίστοιχος του θρύλου της Αγίας Λαύρας για την έναρξη της επανάστασης.
Ο Κακριδής υποστηρίζει ότι το κρυφό Σχολειό δεν ήταν ένα συστηματικό εκπαιδευτήριο, αλλά μια διδασκαλία σχετική με την ιστορία των προγόνων μας, τη μοίρα του ελληνικού λαού και την φλόγα για απελευθέρωση και ότι “είναι ένας θρύλος με ιστορικό πυρήνα”.
Η ύπαρξη ή μη του Κρυφού Σχολειού δεν είναι απλώς ένας θρύλος ή ένα ιστορικό στοιχείο, αλλά και πεδίο σύγκρουσης σημαντικών ιστορικών που ασχολήθηκαν με την έρευνα και τη μελέτη της τουρκοκρατίας. Οι μεν θεωρούν ότι οι Τούρκοι πίστευαν ότι οι εκκλησίες και τα σχολεία ήταν οι βασικοί πυλώνες ενίσχυσης του εθνικού φρονήματος των υπόδουλων Ελλήνων κι έτσι απαγόρευαν το κτίσιμο ναών και τη δημιουργία σχολείων. Οι δε θεωρούν πως, αφού ο Σουλτάνος Μεχμέτ Β έδωσε προνόμια στον Γεννάδιο Σχολάριο για την χριστιανική εκκλησία, ήταν αυτονόητο ότι ήταν επιτρεπόμενα και τα ελληνικά σχολεία. Επίσης ισχυρίζονται ότι δεν υπάρχουν επίσημα κείμενα που απαγόρευαν την ύπαρξη ελληνικών σχολείων.
Σήμερα από τους περισσότερους μελετητές γενικά πιστεύεται ότι το Κρυφό Σχολειό είναι ένας θρύλος, που είχε τη σημασία του στα χρόνια της τουρκοκρατίας.